Từ năm 2004-2008, sau khi sống tại Hoa Kỳ, ông đã về Việt Nam bốn lần. Ông có tư tưởng muốn hàn gắn quan hệ giữa tầng lớp Việt Kiều ngoài nước và chính quyền trong nước, xây dựng quan hệ Việt Nam - Hoa Kỳ. Con gái ông, Nguyễn Cao Kỳ Duyên, là một ca sĩ, luật sư và là người dẫn chương trình của cộng đồng người Việt hải ngoại. Khi trở về Việt Nam, ông được nhiều cấp cao của Việt Nam đón tiếp, đó là những người có trọng trách bên Nhà nước, Chính phủ, Quốc hội và cả Mặt trận Tổ quốc (Chủ tịch Phạm Thế Duyệt).

Những ngày ở Việt Nam, ông là người đóng vai trò trung gian cho Đào Hồng Tuyển,[7] một trong những người giàu nhất Việt Nam, thành công trong một thương vụ xây dựng resort và sân golf, được báo chí tường thuật là tới 1,5 tỉ USD với một doanh nhân Mỹ[8].

Trong cuộc họp báo tại khách sạn Sheraton thành phố Hồ Chí Minh vào chiều 15/1/2004, ông Kỳ nói: "Tôi cũng muốn nói thêm rằng những người mà giờ phút này, sau 30 năm khi đất nước đã thống nhất và đây là lúc cần sự tập hợp của tất cả người Việt Nam trong cũng như ngoài nước để phục hưng đất nước, để Việt Nam trở thành một con rồng châu Á."[6]

Ngày 22 tháng 7 năm 2011, ông từ trần tại một bệnh viện ở Malaysia sau một thời gian lâm trọng bệnh. Hưởng thọ 80 tuổi.[9][10] Thi hài của ông được hỏa táng. Sau đó con gái ông là Nguyễn Cao Kỳ Duyên đem tro cốt của ông về Mỹ.[11]